Ο Πορφύριος γεννήθηκε το 348 στη Θεσσαλονίκη από πλούσια και επιφανή οικογένεια, αλλά «τούτω θείος έρως υπεισήλθεν καταλείψαι πατρίδα και λαμπρότητα γένους… και ασπάσασθαι τον μονήρη βίον». Νεώτατος εγκατέλειψε την πατρίδα του και κατέφυγε στην Αίγυπτο, το μεγαλύτερο ασκητικό κέντρο της εποχής, για να μονάσει. Διήλθε μία πενταετία στη Σκήτη της Αιγύπτου και ακόμη μία σε ένα σπήλαιο του Ιορδάνη ποταμού. Εκεί ασθένησε σοβαρά από κίρρωση του ύπατος και αναγκάσθηκε να μεταβεί στα Ιεροσόλυμα. Παρά την ασθένειά του όμως, ο Πορφύριος δεν παρέλειπε καθημερινώς να επισκέπτεται το ναό της Αναστάσεως και τα άλλα ιερά προσκυνήματα, προκαλώντας το θαυμασμό των άλλων προσκυνητών. Μεταξύ αυτών ήταν και ο Μάρκος, ο μετέπειτα βιογράφος του Πορφυρίου, ο οποίος είχε μεταβεί επίσης για προσκύνημα από την Ασία στην Αγία Πόλη, και από τότε συνδέθηκαν διά βίου.