Το έργο Ιστορία του Πελοποννησιακού Πολέμου είναι η εξιστόρηση της σύγκρουσης μεταξύ Αθήνας-Αθηναϊκής Συμμαχίας και της Σπάρτης-Πελοποννησιακής Συμμαχίας η οποία άρχισε το 431 π.Χ. Συγγραφέας του έργου αυτού ήταν ο Αθηναίος πολιτικός Θουκυδίδης. Είναι ευρύτερα αποδεκτό ως ένα από τα σημαντικότερα ιστορικά κείμενα, και με την αρτιότητα και νηφαλιότητα συγγραφής του θεωρείται ως η πρώτη επιστημονικά γραμμένη ιστορική μελέτη.
Το έργο ξεκινά με το κλασσικό προοίμιο, για να ακολουθήσει η “Αρχαιολογία”. Αυτή είναι μια επιτομή της προγενέστερης ελληνικής ιστορίας, στηριγμένη πιο πολύ σε ενδείξεις, που έχει σκοπό να δείξει πόσο σημαντικότερος ήταν ο Πελοποννησιακός πόλεμος από τις προγενέστερες συγκρούσεις, συμπεριλαμβανομένων των Μηδικών. Στη συνέχεια, ο Θουκυδίδης εκθέτει τις μεθοδολογικές του αρχές για την εξακρίβωση της αλήθειας και διαχωρίζει την πραγματική αιτία του πολέμου, δηλαδή το φόβο της Σπάρτης μπροστά στην αυξανόμενη δύναμη της Αθήνας, από τις αφορμές του (Κερκυραϊκά, Ποτειδεατικά επεισόδια). Μετά την εξιστόρηση των αφορμών του πολέμου που αναφέρθηκαν παραπάνω, εξιστορείται η ταχύτατη πορεία ανόδου της ισχύος της Αθήνας στο διάστημα μεταξύ του τέλους των Μηδικών και της αρχής του Πελοποννησιακού πολέμου. Με τις τελευταίες πολιτικές ενέργειες των αντιπάλων, πριν αρχίσουν οι εχθροπραξίες, κλείνει το πρώτο βιβλίο του έργου.
Από το δεύτερο βιβλίο ξεκινά η περιγραφή του πολέμου, οργανωμένη σε καλοκαίρια και χειμώνες, έως τη νίκη των Αθηναίων στο Κυνός Σήμα και την ανακατάληψη της Κυζίκου το 411 π.Χ. Με ένα δεύτερο προοίμιο, συμπληρώνει τα αυτοβιογραφικά του στοιχεία και εξηγεί γιατί θεωρεί όλες τις επιμέρους εχθροπραξίες ως μέρη ενός ενιαίου πολέμου. Σποραδικά, και για ειδικούς λόγους, ο Θουκυδίδης καταφεύγει σε παρεμβολές για να περιγράψει τη συνοπτική ιστορία ξένων κρατών, παλαιότερα ιστορικά γεγονότα, χαρακτηρίζει πολιτικά πρόσωπα. Σε άλλες παρεκβάσεις περιγράφονται ο φοβερός λοιμός των Αθηνών του 430 π.Χ. και οι συνέπειες των εμφυλίων πολέμων στην ανθρώπινη ηθική.
Αν και φαίνεται πως ο Θουκυδίδης εργάστηκε για το έργο του σε όλο το διάστημα από την έναρξη του πολέμου έως το 399 π.Χ., δεν μπόρεσε να ολοκληρώσει την αφήγησή του η οποία σταματά απότομα μετά τα γεγονότα του 411 π.Χ.